5doigts a mis en place le système de paiement sur internet sécurisé 3-D secure. Ce système maximise la sécurité du paiement, mais il demande un effort supplémentaire de la part des clients devant passer une étape supplémentaire lors du paiement. Cette étape permet d'assurer que la carte bancaire de paiement est utilisée par son véritable titulaire.

Ainsi, ce système rend le procès de paiement un peu plus long et par conséquence réduit les ventes des sites commerçants. Malgré cela, 5doigts.fr a fait le choix de ce système afin de garantir la sécurité des transactions de ses clients.